Освіта та професійна діяльність
Закінчила Київський університет у 1982 році за спеціальністю «біологія», кваліфікація — мікробіолог.
У 1973–1985 роках працювала в Київському медичному інституті. У 1986–2007 роках — в Інституті епідеміології та інфекційних хвороб АМН України, від 2000 року — провідний науковий співробітник. Від 2007 року очолює відділ антибіотиків Інституту мікробіології і вірусології імені Д. К. Заболотного НАН України.
У 2015 році їй присвоєно вчене звання професора за спеціальністю «мікробіологія».
Наукові дослідження
Основні напрями наукової діяльності Лілії Василівни Авдєєвої пов’язані з внутрішньолікарняними інфекціями, антибіотикорезистентністю мікроорганізмів, інфекційним контролем та розробленням нових антимікробних засобів.
Важливе місце у її дослідженнях посідає проблема внутрішньолікарняних інфекцій у новонароджених. Докторська дисертація Л. В. Авдєєвої була присвячена удосконаленню системи мікробіологічного моніторингу за внутрішньолікарняними інфекціями у новонароджених. На основі тривалого спостереження за колонізацією новонароджених умовно-патогенними мікроорганізмами, рівнями та профілями антибіотикорезистентності, а також мікробною контамінацією лікарняного середовища було розроблено програму активного мікробіологічного моніторингу та її комп’ютерну версію.
У межах цих досліджень також було розроблено новий лікарський засіб «Восурель», що характеризувався високою антимікробною активністю та розглядався як основа для створення лікарських форм для профілактики й лікування опортуністичних, зокрема внутрішньолікарняних, інфекцій.
Дослідження антибіотикорезистентності та біологічно активних речовин
Як завідувач відділу антибіотиків Інституту мікробіології і вірусології НАН України Лілія Василівна Авдєєва очолює фундаментальні дослідження бактерій родів Bacillus і Pseudomonas, зокрема закономірностей біосинтезу, природи та механізмів дії їхніх біологічно активних метаболітів — антибіотиків, ферментів, фітогормонів, пігментів та екзополімерних сполук.
Окремим напрямом є розроблення наукових основ створення антимікробних препаратів, пробіотиків і синбіотиків на основі бактерій роду Bacillus, а також біологічних препаратів для захисту сільськогосподарських рослин від фітопатогенних бактерій і грибів.
Її наукові інтереси також охоплюють біосинтез та механізми дії метаболітів бактерій Bacillus і Pseudomonas та можливості їх використання для створення біологічних препаратів.
Науково-педагогічна діяльність
Лілія Василівна Авдєєва бере участь у підготовці фахівців у галузі мікробіології. У Київському національному університеті імені Тараса Шевченка вона викладає лабораторні роботи з дисципліни «Методи сучасних біологічних досліджень».
Також є розробницею навчальної програми «Антибіотики. Пробіотики» для підготовки докторів філософії за спеціальністю «Біологія» за освітньою програмою «Мікробіологія».
Професійна та науково-організаційна діяльність
Лілія Василівна Авдєєва є членом Вченої ради Інституту мікробіології і вірусології імені Д. К. Заболотного НАН України та спеціалізованої вченої ради із захисту докторських дисертацій за спеціальністю «мікробіологія».
Неодноразово проходила стажування у наукових установах США з питань інфекційного контролю. Також була науковим консультантом спільного Американсько-Українського проєкту «Здоров’я матері і дитини».
Бере участь у наукових дослідженнях, спрямованих на створення біологічних препаратів та вивчення взаємодії мікроорганізмів із довкіллям.
Внесок у розвиток мікробіології
Лілія Василівна Авдєєва належить до провідних українських фахівців у галузі антибіотикорезистентності мікроорганізмів, профілактики та лікування гнійно-запальних захворювань. Важливою складовою її діяльності є підтримка та розширення Української колекції мікроорганізмів, яка має статус Національного надбання України.
Наукові праці
Серед основних наукових праць Лілії Василівни Авдєєвої:
«Современные представления о бактериологической диагностике Pseudomonas aeruginosa, механизмах формирования лекарственной устойчивости и новых подходах к разработке эффективных мер предупреждения внутрибольничных инфекций и их терапии» (1997);
«Нагляд і контроль за резистентністю до антибіотиків у мікроорганізмів, ізольованих у імунокомпромісних хворих» (2000);
«Сучасні цефалоспоринові антибіотики. Проблема вибору» (2006);
«Инфекционный контроль в системе мероприятий по профилактике внутрибольничных инфекций в акушерских стационарах» (2007).
Таким чином, наукова діяльність Лілії Василівни Авдєєвої поєднує фундаментальні дослідження мікроорганізмів із прикладними розробками у сфері антибіотиків, пробіотиків, інфекційного контролю та подолання антибіотикорезистентності.

